Yuxarı Gövhərağa məscidini 1883-1884-cü illərdə İbrahim xanın qızı Gövhər ağanın vəsaiti hesabına memar Kərbəlayı Səfixan Qarabaği tikmişdir. Bu abidə Şuşanın Böyük Cümə Məscididir.
Məscidin ibadət salonu üçnefli olub planda kvadrata yaxın formadadır (190 х 185 m). Şimal tərəfdən ona artırılan üçtağlı eyvan (14,5 x 5,0 m) Cümə məscidinin planına düzbucaqlı forma (26,5 x 21,5 m) verir. Eyvanın künclərində iki minarə və ibadət salonunun yanlarındakı balkonlara – qadın bölümünə pilləkənlər yerləşdirilib. Məscidin ibadət salonu 6 daş sütunla neflərə bölünüb. Yan bölmələr sivri tağbəndlə örtüldüyü halda ortadakı iki kvadrat planlı hissə günbəzlə örtülür. Salonun interyeri ikiqat pəncərələrlə işıqlandırılır. Məscid binası bütünlüklə daşdan tikildiyi halda onun minarələri tamamilə kərpicdən yığılmışdır. Minarənin silindrik gövdələri üfüqi kəmərlərlə üç hissəyə bölünmüş və hər bölüm fərqli kərpic hörgüsü naxışları ilə üzlənmişdir.
Abidə Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 02 avqust 2001-ci il tarixli 132 №-li qərarı ilə Ölkə əhəmiyyətli daşınmaz Tarix və Mədəniyyət abidələrinin siyahısına daxil edilmişdir.
Abidə 1992-ci il may ayının 8-dən etibarən Ermənistanın Respublikası Hərbi Qüvvələrinin işğalı altındadır.
Ermənistan Respublikası Silahlı Qüvvələri tərəfindən, 1992-1994-cü illərdə Azərbaycan ərazilərinin 20%-i işğal edildikdən sonra Yuxarı
Gövhərağa məscidi də dağıdılaraq yerlə yeksan edilmişdi. Ermənilər tərəfindən Məscidin əsas binası və minarələri zirehli texnikaların atəşlərinə məruz qalaraq abidəyə ciddi ziyan dəymişdir. Tavanı bir neçə yerdən uçurdulmuş, daxildən və xaricdən divar yazıları pozulmuş, interyerinə erməni və rus dillərində azərbaycanlılara qarşı təhqiramiz ifadələr yazılmışdır.
Yuxarı Gövhərağa məscidi Ermənistanın Respublikası tərəfindən işğal edildiyi dövrdə aşağıdakı dəyişikliklərə məruz qalmışdır.
Ermənistan Respublikasının müvafiq dövlət qurumları tərəfindən, azərbaycanlıların ibadət yeri olan Yuxarı Gövhərağa məscidinin rəsmi şəkildə təhqir olunmasına və dağıdılmasına göstəriş verilmişdir.
Məscidin minarələri daxildən tamamilə sökülmüş, xaricdən atəşə tutulmuş, tavanı bir neçə yerdən uçurdulmuş, daxili tərtibatı, dizayn və divar yazıları pozulmuş, hücrələri və yardımçı otaqları uçurdulmuş, kommunal və kommunikasiya xətləri dağıdılaraq tamamilə yararsız hala salınmışdır.
Məscidin bəzək əşyaları, texniki avadanlıqları, qurğuları, bərk və yumşaq inventarları qarət edilərək Ermənistan Respublikasına aparılmışdır.
Məscidin daxili və xarici divarları üzərində erməni və rus dillərində Azərbaycan xalqına və millətinə qarşı alçaldıcı və təhqir edici ifadələr və sözlər yazılmışdır.
2018/19-cu illər ərzində abidə “fars mədəniyyətinin” nümunəsi kimi qeyri-qanuni təmir edilmişdir.
Məscid 2018-ci ildə abidə “fars mədəniyyətinin” nümunəsi kimi qeyri-qanuni təmir edildi.
Məscid 2018-ci ildə abidə “fars mədəniyyətinin” nümunəsi kimi qeyri-qanuni təmir edildi.
Məscid ətrafındakı Azərbaycan din xadimlərinə aid qəbir daşları ermənilər tərəfindən daim təhqir olunurdu.
Təmirdən öncə Məscid ətrafındakı qəbir daşları sındırılıb dağıdıldı.
Təmirdən öncə Məscid ətrafındakı Qarabağlıların inanc yerləri sökülərək yox edildi.
Təmir zamanı Yuxarı Gövhərağa məscidinin interyerində formaca xeyli sayda dəyişiklik edilərək orginal görüntü yox edildi.