Şuşa şəhəri işğal altında olduğu müddətdə Yuxarı Gövhər Ağa məscidi ermənilər tərəfindən dağıdılmışdı. Şəhər işğaldan azad edildikdən sonra məsciddə başlanılan konservasiya və bərpa işləri Azərbaycan, İtaliya və Türkiyə şirkətlərinin konsorsiumu tərəfindən Avstriyanın “Wehdorn Architekten” şirkətinin nəzarəti ilə ilkin memarlıq üslubuna uyğun aparılıb. Layihə “PAŞA Holding”in maliyyə dəstəyi ilə həyata keçirilib.
Məscidin daxilindən götürülən məhlul, suvaq, təbii daş, kərpic, ağac və boya nümunələri təhlil və düzgün konservasiya üsullarını əldə etmək məqsədi ilə Türkiyədəki Fatih Sultan Mehmet Vəqfi Universiteti nəzdindəki Ahmet Refik Ersen Restavrasiya və Konservasiya laboratoriyasında araşdırılıb.
Bu günədək məsciddə möhkəmləndirmə işləri görülüb. İşğal dövründə məscidə ermənilər tərəfindən edilmiş müdaxilələr aradan qaldırılıb.
